海水缸比淡水缸要求高，在海水中的蛋白质同样主要来源于生物的新陈代谢，但这些东西是有害的，并且基本都溶于水或半溶于水。只是海水可以利用蛋白质分离器和盐度把产生NO2和NH的物质比较快的排出水体，减轻硝化系统的负担，蛋白质分离器合理减轻了硝化菌分解细菌的压力，蛋白质分离器的工作原理也是基于此。

蛋白质分离器又称为化氨器、蛋白质除沫器、泡沫分馏器。其工作原理是利用微气泡（直径小于1mm) 的表面张力及静电吸附的作用将溶解在水中的蛋白质（养殖生物的排泄物以及食物残渣等形成）悬浮微粒从水中黏附、吹托分离出来。避免其分解成为有毒废物前将它分离，减轻了生化系统的负担，从而达到水处理的效果。

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